南京医科大学的计算机专业主要包括医学信息工程和智能医学工程，旨在培养具备医学背景、掌握计算机科学及信息科学基本理论和技能的复合型人才。
医学信息工程专业是南京医科大学开设的本科专业，旨在培养具备医学背景、掌握医学信息基础理论和基本技能的复合型人才。该专业融合了医学、计算机科学与技术、信息学等多学科知识，致力于培养能够在医学信息系统及集成、数字医疗及相关IT企业从事研究、设计、应用、开发和管理的高级专门人才。主要课程包括医学信息学、计算机程序设计、数据库原理与应用、医学图像处理、医学信息系统、数字医疗技术、信息安全管理等。
智能医学工程是以现代医学与生物学理论为基础，融合大数据、云计算、认知科学、人机交互与机器学习等人工智能相关技术的新兴交叉学科。该专业研究人的生命和疾病现象本质及其规律，探索人机协同的智能诊疗方法及其临床应用。智能医学工程专业的课程设置可能包括高等数学、大学物理、计算机科学导论、计算方法、数据结构、操作系统、编译原理、计算机组成原理等基础课程，以及与医学相关的应用课程。
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