南京中医药大学的计算机科学与技术专业旨在培养掌握计算机硬件、软件与应用等计算机科学与技术、网络与信息系统相关的基本理论、基本知识、基本技能和基本方法，了解中医药与现代医学的基础知识，具备一定的计算机软硬件应用、科研、开发能力，能在医院、科研院所、企事业单位和行政管理部门从事计算机科学基础与技术研究、软硬件相关技术开发以及医药信息系统规划建设与运行等方面工作的高素质应用型人才。
南京中医药大学的计算机科学与技术专业是一个旨在培养高素质应用型人才的专业，特别注重计算机与中医药的交叉学科研究。该专业提供工学学士学位，学制四年，主要培养目标包括掌握计算机硬件、软件与应用等基本理论、基本知识和基本技能，同时了解中医药与现代医学的基础知识，具备计算机软硬件应用、科研、开发能力，能够在医院、科研院所、企事业单位和行政管理部门从事计算机科学基础与技术研究、软硬件相关技术开发以及医药信息系统规划建设与运行等方面工作。
该专业的核心课程包括：
南京中医药大学的计算机科学与技术专业拥有一支高水平师资队伍，包括教授、副教授、博士生导师和硕士生导师等。近年来，该专业在科研方面取得了显著成果，主持了多项国家级项目并获得了多项省部级奖项。毕业生就业情况良好，大多就职于高水平IT企业和医药信息类企业，也有优秀毕业生考入“双一流”高水平大学研究生。
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