还是看具体什么地方的这两个专业。我个人推荐细胞生物学吧。分子生物学实际就是门技术，和基因相关，搞不好，就只能做做分子生物的枯燥操作，做做序列分析什么的，将来毕业不好找对口的工作。换领域，又没有其他领域的实验经验，都得重头开始。
分子生物学作为考研的研究方向更有前景。分子生物学（molecular biology）是从分子水平研究生物大分子的结构与功能从而阐明生命现象本质的科学。自20世纪50年代以来，分子生物学是生物学的前沿与生长点，其主要研究领域包括蛋白质体系、蛋白质-核酸体系 （中心是分子遗传学）和蛋白质-脂质体系（即生物膜）。
这三个专业实际没法比较，微生物学是物种水平，和植物学，动物学倒是可以并列。研究微生物的也要通过生化、分子、细胞生物学的手段。要说哪个专业好，其实要看你报考的院校，而且现在很多院校专业的划分比较混乱，特别像分子生物学这样的专业，很可能里面研究动物、植物、微生物、病毒的什么都有。
生物专业考研专业就业方向如下，依据个人意愿选择：生物化学与分子生物学。
生物专业是考研好，毕竟这方面的知识要更进一步深入学习。一般直接毕业也能找到工作的。微生物是一个很有前景的专业，并且也是近几年的考研人数数一数二多的科目。
多学科交叉研究是21世纪生物医学工程学的一个主攻方向。在上世纪50年代起，生物医学工程学是从随着电子学、材料学、工程力学、信息科学和电子计算机等多种学科的进步并广泛应用于医学和生物学领域而形成和迅速发展起来的一门新兴学科。
肿瘤内科，工作比较容易找，换工作也方便。专业性不是特别强，基本都是进工作后，再学习的。现在GUAIDLINE很普及，没有啥特别难的。老外总结的东西拿来规范使用就行了。
微生物、生物化学与分子生物学三专业的目前就业方向有如下几个：一是相关专业普通高校；二是上高中任教；三是考公务员；四是微生物还可以有对口公司就业，生物化学和分子生物学有相关公安局刑侦科DNA检验员。其它专业就更不好找了，不过，目前普通高校还缺生物教育硕士，你可以考察和考虑一下。
即使说微生物好就业，但你不喜欢，也是很难走出去的。我读的是SIBS巴斯德研究所的微生物学，它划分的很细，注重人类公共性卫生疾病的免疫和疫苗开发，我想这就是你说的好找工作吧。
微生物实际应用要强的多，相对好找工作，在酒厂、药厂等都没问题，而其他专业的科研性较高，这些真的要找个好点的大学，不然就是白读。
总的来说，微生物工程专业的就业前景广阔，为毕业生提供了多种职业选择和发展空间。通过不断提升自身能力，积极适应行业发展趋势，微生物工程专业的毕业生能够在不同领域实现职业发展和价值实现。
机遇：随学科的发展，微生物产业将会进一步崛起，就业机会增多。以微生物基因组学为中心，以维护人类健康为首要任务的微生物学将在21世纪通过与其他学科实现更广泛的交叉融合实现新的发展，微生物产业将会进一步崛起，相应的为微生物学专业的学生提供了较多的就业机会。
微生物学专业的毕业生将获得广泛就业机会，涵盖生物科技、医药、环保、农业等多个领域。在薪资待遇上，微生物研究生起薪可达万元，展现出优秀的市场竞争力。
就业方向如下：可以去医院微生物实验室进行研发。可以作为微生物医疗器械临床工程师搞售后培训实验室人员。可以去食品企业、发酵企业。如乳制品相关企业、酱油、啤酒等。可以去一些生物制药厂和做疫苗的公司，现在社会上外资和医院附属的制药厂比较多，所以可以在这些领域从事相关工作。
解放军军事医学科学院 ：是中国人民解放军的最高医学研机构，1951年8月创建于上海，1958年迁至北京；2003年，遵照中央军委决定承建解放军疾病预防控制中心；有病原微生物生物安全国家重点实验室。
中山大学。微生物方面是生物专业学生考研比较中意的一个方向，相对实用性也是很高的，所以微生物方向，乃至其领域内的发酵工程方向都是相对难考的。这个专业无所谓什么地方的时最好的，但是很不错的倒是有几个。中科院的微生物所和武汉病毒所是首推的，同时也是很难考的。
山东大学、华中农业大学、南开大学、武汉大学、中国农业大学、浙江大学、南京农业大学、云南大学、广西大学、北京大学、中山大学、复旦大学、四川大学、厦门大学、江南大学和南京师范大学。
武汉大学：微生物方面在大学中绝对是一流。江南大学：微生物的发酵方向无人能敌。山东大学：微生物发酵及理论方面也是相当牛的。华中农大、南京农大、中国农大农业院校的三巨头，微生物都有不错。中山大学：微生物生物防治方面很好，有国家生防重点实验室。
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